Keichi Morisato est un jeune étudiant de fac. Il vit avec d'autres étudiants dans une pension de garçons. Un soir qu'il est seul, il veut acheter une pizza mais fait un faux numéro. Débarque alors sans prévenir une jeune femme qui sort d'un miroir. Elle dit s'appeler Belldandy et être une déesse qui aide les gens malheureux. Keichi a droit à un voeu qu'elle réalisera. Mais il croit à une mauvaise blague de ses copains et lui demande donc comme voeu de rester toute sa vie avec lui. Elle accepte. Mais elle a oublié de lui expliquer que désormais une force, appelée la force d'exécution, empêchera quiconque de les séparer. En premier lieu, à cause de cette force, Keichi se fait virer de sa pension car il y a amené une fille. Ils finissent par trouver refuge dans un temple et la vie s'organise.
Keichi amène Belldandy à l'université, et grâce à sa magie et sa gentillesse, elle devient bien vite la reine du campus. Ce qui rend très jalouse Sayoko, qui était avant l'arrivée de la naïve déesse la plus populaire. Elle sera prête à tout pour faire couler Belldandy. Au fur et à mesure, Belldandy et Keichi vont tomber amoureux l'un de l'autre, mais Keichi maladroit, timide et complexé aura toutes les peines du monde à se lancer. Heureusement Belldandy comprendra vite ce qu'il ressent. Par la suite vont arriver, Megumi, la petite soeur de Keichi, Uld et Skuld, les deux soeurs déesses de Belldandy, plus garces l'une que l'autre...