L'histoire se concentre sur un homme, Train Heartnet, qui faisait partie d'un groupe d'assassins d'élite, les Chronos, et dont il était leur treizième et ultime membre. Il a décidé d'agir à son propre gré et de devenir un chasseur de primes.
Attention : ce qui suit dévoile tout ou partie de l’œuvre (explications) !
Après la perte d'une amie chère, il s'allie à une troupe hétéroclite qui se constitue peu à peu autour d'un chasseur de primes, notamment une ancienne cible: une filette-arme fatale. L'occasion pour lui de choisir son destin et ses liens...
Personnages
Attention : ce qui suit dévoile tout ou partie de l’œuvre (explications) !
Train Heartnet (トレイン ハートネット, torein hātonetto): Ce jeune garçon était peut-être le meilleur assassin de Chronos, faisant preuve d'une habilité sans égale au revolver. Puis il abandonna Chronos et entra en lutte contre Creed après l'assassinat de son ami, faisant alliance avec Sven et Eve.
Sven Vollfied (スヴェン ボルフィード, sovein borufuīdo) : Ce chasseur de primes traine un passé trouble. Il transporte toujours avec lui une malette truffé de gadgets propres à le tirer de toute situation. Il cache sous un bandeau un œil capable de voir le futur proche.
Eve (イヴ, ivu): Jeune fille créée à l'aide de nanomachine comme l'arme ultime, elle a été élevé dans l'idée qu'elle était un monstre. Mais elle est avant tout un être humain et Sven l'a compris le premier. Ces nanomachines lui permettent de déformer son corps, faisant par exemple sortir des lames de ses bras. Lorsqu'elles sont excitées extérieurement, Eve perd le contrôle d'elle-même.
Creed Diskens (クリード ディスケンス, kuriido disukensu): Assassin renégat de Chronos, il a fondé les Apôtres des étoiles et tente de contrôler le monde par le biais de pouvoirs cultivés secrètement sur un autre continent. Il est fasciné par la puissance de Train et pourrait tout sacrifier pour en faire son allié. Il possède un épée faite d'énergie, invisible et dont la lame peut changer de longueur.
Kyōko Kirisaki (キョウコ キリサキ, kyōko kirisaki): Jeune lycéenne énergique et volubile servant indirectement Creed, elle a un coup de foudre immédiat pour Black Cat et abandonne les Apôtres pour ne pas avoir à l'affronter. Elle est capable de cracher des flammes.
Charden (シャルデン フランベルク, sharuden furanberuku): Jeune homme servant Creed indirectement. Grâce au Tao, il peut contrôler son sang et s'en servir pour tuer. Il abandonne Creed après avoir vu l'étendue de sa folie. Kyōko le suivra et ils se rallieront à la cause de Black Cat.
Les Chrono Numbers : au nombre de 14, ils représentent l'élite d'une organisation se nommant 'Chronos' et ayant pour but le maintien de la paix ainsi que la stabilité de l'économie. A sa tête le numéro 0, Willzark suivie par les 13 autres :
Numéro I : Sephiria Arks.
Numéro II : Belze Rochefort, alias Berze.
Numéro III : Emilio Lowe.
Numéro IV : Kranz Maduke.
Numéro V : Nizer Bruckheimer, alias Naizer.
Numéro VI : Anubis.
Numéro VII : Jenos Hazard, alias Janus.
Numéro VIII : Baldorias S. Fanghini, allias Baldor.
Numéro IX : David Pepper.
Numéro X : Ash qui tué par Creed se voit remplacé par Lin Xiao Li dans la suite du manga.
Numéro XI : Beluga J. Heard, alias Belouga.
Numéro XII : Mason.
Numéro XIII : Train Heartnet, alias Black Cat.